Este projeto buscou integrar ações e competências de três dos grandes programas de pesquisas do Ministério da Ciência e Tecnologia para a Amazônia, LBA (Projeto de Grande Escala da Biosfera-Atmosfera na Amazônia), GEOMA (Rede Temática em Modelagem Ambiental da Amazônia) e PPBio (Programa de Pesquisa em Biodiversidade) e, assim, formar cenários mais completos que permitam ampliar o embasamento técnico-científico e o apoio à tomada de decisões em níveis estaduais e regionais na Amazônia para incrementar e aprimorar as ações de disseminação dos conhecimentos gerados e de formação de recursos humanos qualificados nas áreas de atuação dos programas. Os eixos norteadores do projeto foram a busca do fortalecimento da infra-estrutura de pesquisa científica e a expansão das atuais atividades e projetos em colaboração com outros programas institucionais regionais para a formação e/ou consolidação de um completo banco de dados (multi-disciplinar) para subsidiar ações de pesquisa, monitoramento e de desenvolvimento regional. Definiram-se como áreas prioritárias para o estudo as regiões da ALAP da BR-319, a do Alto Xingu, a de Santarém e a de Gurupi (MA), representando alguns dos principais centros de endemismo da Amazônia. Foram realizadas análise também na macro escala. Os principais eixos de pesquisa do projeto se relacionaram com estudos do desmatamento e seus efeitos sobre a biodiversidade (micro- escala), análise do clima sobre a biodiversidade em escala local, avaliação do grau de acoplamento entre o microclima e a biodiversidade na floresta madura em escala, avaliação das mudanças e variações da biodiversidade em função do clima e da mudança de uso e cobertura da terra nos centros de endemismo da Amazônia (meso-escala); produção de modelos e cenários de uso da terra na Amazônia brasileira (macro-escala); desenvolvimento de uma modelagem climática regionalizada para a Amazônia brasileira (macro-escala).